Im Jahr 1936 errichteten die Dornier-Werke den Flughafen Oberpfaffenhofen als Werksflughafen zum Einfliegen ihrer Flugzeuge.
Von Dornier wurde in Oberpfaffenhofen das mit einer Höchstgeschwindigkeit von 730 bis 770 km/h schnellste kolbenmotorgetriebene Flugzeug des zweiten Weltkriegs, die Do 335 entwickelt und gebaut. Die Flugleistungen dieses Kolben/Propeller-Flugzeugs beeindruckten die Siegermächte, welche nach der Deutschen Niederlage jeder für sich flugfähige Exemplare des „Ameisenbär“ für die Erprobung suchten.
Vorgänger der noch heute tätigen Forschungseinrichtungen war das Flugfunkforschungsinstitut Oberpfaffenhofen (FFO), das 1937 von Max Dieckmann gegründet wurde.
Um den Schaden durch Bombardements zu begrenzen, waren die 40 Gebäude weit verstreut angelegt, die Versorgungseinrichtungen verliefen durch unterirdische Tunnels. Die Anlagen wurde 1944 und 1945 insgesamt 9 Mal angegriffen, wobei 217 Flugzeuge vom Typ Do 217, 86 vom Typ Me 410 und 10 vom Typ Do 335 zerstört wurden. Trotz heftiger Angriffe konnte das Flugzeugwerk bis zur Eroberung am 30. April 1945 stets ohne Unterbrechung arbeiten.
Neun in Oberpfaffenhofen 1945 abgestellte Do 335 (auch zweisitzige Varianten), meist ohne Motoren